筛除浮豆

先把收成的咖啡果实倒进大水槽里，成熟饱满的果实会沉入水底；发育不全或者过熟的果实会浮上水面，这些浮豆需加以剔除劣质豆。

去果肉

然后用pulping machine（果肉刨除机）将咖啡果实的果皮果肉打掉，不成熟的果实由于果肉分离不易，会在这一阶段被筛除。 经过果肉筛除机之后，剩下的就是果胶，羊皮和种子了。

发酵去果胶

藉由发酵过程，将果胶用生物分解的方式除掉。 发酵过程约24-36小时，期间须时常搅动以加速果胶由种子上分离。 水洗发酵会产生柠檬酸，苹果酸及醋酸等酸性物质，这些酸值会渗入生豆，使得水洗法的豆子酸味较日晒法重。 完成发酵后，然后用干净的水彻底冲洗咖啡。此时咖啡约为57％的水分。

干燥

为了将水分降低到期望的最大值12.5％，羊皮纸咖啡在阳光下，机械干燥器中或两者的组合下被干燥。 晒干需要8至10天。 然后将该羊皮纸咖啡储存。 

脱壳

最后干燥后利用脱壳机（hulling）去除包裹在咖啡豆上的羊皮打磨去壳而得到生豆。

优点

1. 生豆颜色深绿，外观完整，卖相佳；

2. 酸味及明亮感较日晒豆佳；

3. 风味也较干净，品相与口味会更加干净而均一；

4. 由于一开始就去除掉了果肉，所以就不必担心发霉的问题。

风味

水洗豆因为在发酵池里发酵出酸性物质，所以咖啡豆通常带有明亮干净的酸性。

水洗法缺点

要取得200G生豆需水洗1公斤果实，同时约需耗掉2-10公升的净水，成本高。